Budući da tokom procesa vantelesne oplodnje dolazi do stvaranja više od jednog embriona, kako bi postojala mogućnost odabira embriona najboljeg kvaliteta za embriotransfer, automatski se stvara potreba za krioprezervacijom preostalih embriona koji imaju normalan razvoj i morfologiju. Krioprezervirani embrioni se čuvaju u laboratoriji u izuzetnim uslovima, u posebnim posudama sa tečnim azotom, i mogu se odmrznuti u bilo kojem trenutku u budućnosti, kako bi se iskoristili za embriotransfer. Metod krioprezervacije se pokazao kao spas u slučajevima hiperstimulacije jajnika kada se ne preporučuje embriotransfer. Štaviše, takozvana strategija zamrzavanja svih embriona (freeze all) koji nastaju u jednom ciklusu vantelesne oplodnje, pruža mogućnost ostvarivanja embriotransfera u sledećem ciklusu, tokom kojeg žena neće biti podvrgnuta hormonskoj stimulaciji jajnika. Na taj način se eliminiše potencijalno negativan uticaj hormona koji se koriste za izazivanje ovulacije, na receptivnost materice.
U našoj laboratoriji se koristi novi metod vitrifikacije za krioprezervaciju embriona, koji je doprineo u poboljšanju rezultata, štiteći embrione od stvaranja kristala leda. Stopa preživljavanja krioprezerviranih embriona u našem centru dostiže 100%, sa procentom trudnoća sličnim onima koje se postižu bez krioprezerviranih embriona.
Embrioni se čuvaju 5 godina, a na kraju ovog perioda se pruža mogućnost produžavanja na još 5 godina. Nakon isteka navedenog roka, embrioni se ustupaju u istraživačke i terapeutske svrhe, ili se uništavaju, nakon što par da svoju saglasnost.